北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所与医院主体并称“一院三所”，成为集医疗、教学、科研、预防、国际交流五位一体的医疗科研联合体。眼科、耳鼻咽喉科为教育部批准的国家临床重点学科，变态反应(鼻过敏)科为原国家卫生和计划生育委员会批准的国家临床重点专科，中医眼科学为国家中医药管理局批准的中医重点学科。首都医科大学北京眼科学院和耳鼻咽喉科学院设在院内。医院设有世界卫生组织防盲合作中心和世界卫生组织防聋合作中心，附设北京同仁眼库(国际眼库协会会员)。

青光眼科一直以来就是同仁眼科的重点专业。多年来，在国内眼科学界长期占据优势地位，并在国际上享有一定的影响力。目前，青光眼科是中华医学会眼科学分会青光眼学组组长单位，也是中国医师协会眼科学分会青光眼委员会主任委员单位。

青光眼科主要的特点和优势是注重临床和科研相结合。在保持原有临床技术优势的情况下，注重基础科研工作，在国内学术界具有优势。

青光眼科有博士研究生导师一人，硕士研究生导师两人;有正高级职称人员5人，副高级职称人员人9人;青光眼科常年承担首都医科大学及首都医科大学国际学院本科生、研究生、国际学生的临床授课任务;青光眼科每日的平均门诊病人量200-300人次，科室开放床数52张，年手术量超过3000台，青光眼科住院部的床位使用率常年超过，术前平均住院日低于4天，各项医疗指标位居全国前列。其中2/3的患者来自外地，每年培养研究生和进修医生近百名。

北京同仁医院眼外伤专科成立于1968年，是国内早成立的集临床、科研、教学于一体的眼外伤专科。北京同仁眼外伤专科技术力量雄厚，学科梯队合理，拥有包括多位经验丰富、享有盛誉的专家和教授在内的近20名副主任医师以上职称的高级专业人才。每月专家门诊量在1700人次以上，固定病床50余张，年手术量达5000人次以上。