保函延期申请审核通过后，新的有效期开始计算的时间通常有以下几种情况：
按约定的特定日期开始：申请人和受益人在申请延期时明确约定了新的有效期起始日期，比如双方协商确定从原有效期届满后的次日开始计算新的有效期。以工程履约保函为例，如果原保函有效期到 2025 年 5 月 31 日，双方协商延期后约定新的有效期从 2025 年 6 月 1 日开始。
从原有效期届满日顺延：即新的有效期紧接着原有效期结束的时间开始。如投标保函原有效期到 2025 年 3 月 31 日，延期申请获批后，新有效期从 2025 年 4 月 1 日开始。
根据特定事件发生时间确定：如果保函延期与特定事件相关，那么新有效期可能从该特定事件发生之日起算。例如工程履约保函，因工程延期，约定新有效期从工程实际竣工验收合格之日起计算；预付款保函可能约定自预付款再次支付或满足一定的使用进度条件后开始计算新的有效期。
按合同履行进度确定：若保函与合同履行进度紧密相关，可能根据合同的阶段性履行情况来确定新有效期的起始时间。比如分期交付货物的合同履约保函，在原保函有效期内需延长时，可能约定自某一期货物交付并验收合格后，对应开启新的保函有效期阶段。
申请材料方面
材料不完整：未按要求提供完整的申请文件，如缺少原保函副本、延期申请书填写不规范、未提供相关合同或协议等，导致担保机构无法了解申请情况和做出准确判断。
材料不真实：提供的证明材料存在虚假内容，如虚构项目延期原因、伪造相关文件或数据等。一旦担保机构发现材料真实性存疑，会立即拒绝申请。
保函本身及相关约定方面
保函条款限制：原保函条款中明确规定不允许延期，或对延期有严格的条件限制，而申请人的情况不符合这些条件，担保机构只能按照保函条款执行，拒绝延期申请。
与受益人未达成一致：投标保函涉及申请人、担保机构和受益人三方，若受益人不同意保函延期，担保机构出于维护各方利益平衡和合同约定的考虑，通常不会批准延期申请。
超过担保机构规定期限：担保机构可能对接受保函延期申请有时间限制，如规定必须在原保函到期前若干天内提交申请，申请人超过了这个期限才提交，担保机构可能不予受理。
关税保函
关注海关政策：及时了解海关关于关税缴纳、保函使用等方面的政策法规变化，确保保函延期申请符合政策要求，避免因政策不符导致申请不通过。
与海关沟通协调：提前与海关相关部门进行沟通，说明延期原因和预计的延期期限，了解海关对于该保函延期的具体要求和审批流程，按照海关的指导准备和提交申请材料。
提供贸易情况说明：详细提供与保函相关的贸易业务情况说明，包括货物进出口情况、贸易合同执行情况等，以证明关税保函延期与实际贸易业务需求相符。